ท่าเรือเชียงแสนก่อสร้างขึ้นตามนโยบายรัฐบาล ในการปรับปรุงโครงข่ายการคมนาคมขนส่งระหว่างประเทศเพื่ออำนวยความสะดวกแก่การท่องเที่ยว การค้าและการลงทุนเพื่อพัฒนาประเทศให้เป็นศูนย์กลางหรือประตูการพัฒนาภูมิภาคอินโดจีน รวมทั้งโครงการพัฒนาเศรษฐกิจในอนุภูมิภาคลุ่มแม่น้ำโขงซึ่งเป็นโครงการความร่วมมือ 6 ประเทศ ได้แก่ ประเทศไทย สาธารณรัฐประชาชนจีน สาธารณรัฐประชาธิปไตยประชาชนลาว สหภาพพม่า กัมพูชาและเวียดนาม ต่อมาคณะรัฐมนตรีมีมติเมื่อวันที่ 25 มีนาคม 2546 ให้การท่าเรือแห่งประเทศไทยเป็นผู้บริหารและประกอบการ โดยได้เปิดให้บริการอย่างเป็นทางการเมื่อวันที่ 1 ตุลาคม 2546